一、SCI方法学章节的署名，是MD供应商的硬指标
做心血管、天然产物这类研究的团队，这几年补一块分子对接和分子动力学模拟（MD/MDS）的数据，已经很常见。细胞实验和动物实验做完，机制要讲到“直接结合”这一层，计算部分绕不过去。
真正的麻烦在方法学章节。这一段会被审稿人逐条核对：软件版本、力场、盒子大小、模拟时长、平衡策略，写不清楚就要补数据。所以选MD数据供应商的时候，能不能给出一份经得起审稿的方法学段落，比报价单上的价格更有参考价值。
这篇文章做的是白桦脂醇（betulin）抗心肌肥厚，作者来自浙江省立同德医院和浙江省中医药研究院。方法学里交代的模拟参数是GROMACS 2024.3、Amber99sb-ildn力场、TIP3P水模型、300 K与1 bar、100 ns（500万步，步长2 fs）；对接用AutoDockFR 1.0，对接口袋定在ATP结合口袋，生成200个构象；蛋白结构由AlphaFold3建模（AMPKα2，UniProt Q8BRK8；Nrf2，UniProt Q60795）。
参数写到这个颗粒度，服务商名字又落在方法学章节里，对作者是合规声明，对选供应商的人来说是一条可查证的记录。
二、科晶生物的MD模拟流程
合肥科晶生物技术有限公司（Hefei Kejing Biotechnology Co., Ltd.）的膜蛋白分子动力学项目报告，把一次交付的流程写全了。
步骤一，是复合体构象预测。把蛋白序列和配体的SMILES字符串一起输入Chai-1，配合MSA模板预测复合物构象，再用界面预测置信度ipTM判断链间相互作用是否可靠，用残基置信度pLDDT挑出最优构象。这一步最依赖模型判断，也是“AI辅助互作蛋白筛选”真正落地的地方。
步骤二，配体参数化。配体上传CGenFF生成.str流文件，拆成拓扑文件.rtf与参数文件.prm，再把新配体坐标替换进原复合物。
步骤三，用CHARMM-GUI构建生物膜体系。复合物PDB上传后导入配体拓扑与参数，由PPM 2.0自动确定蛋白在膜中的Z轴取向，水层厚度取默认值，X/Y轴盒子边长按蛋白宽度设置。膜体系包含POPC、POPE、POPS和胆固醇四类脂质。
之后是能量最小化和六步梯度弛豫。Step 1-2施加强位置限制，固定蛋白和膜结构，让水分子填满空隙；Step 3-5降到中等限制，调整体系密度；Step 6降到微弱限制。最后用GROMACS 2026.2跑100 ns生产模拟，再用gmx rms系列命令计算RMSD、RMSF、Gyrate、SASA、氢键等指标。
三、一份100 ns报告交付了哪些数据
复合物体系的RMSD曲线（红：protein，绿：ligand，蓝：complex）。蛋白稳定在0.25 nm附近，配体在0.10-0.23 nm区间。来源：膜蛋白分子动力学（MD）模拟结题报告.docx。
结构稳定性方面，蛋白RMSD稳定在0.25 nm附近，配体在0.10-0.23 nm之间，体系在15 ns之后收敛；全部残基的RMSF都低于0.6 nm，说明主体由刚性结构组成。回转半径和SASA曲线平稳，没有出现明显的展开或塌缩。
自由能形貌图（Free Energy Landscape），最低自由能区域呈现边界清晰、构象聚集的深能谷。来源：膜蛋白分子动力学（MD）模拟结题报告.docx。
自由能景观里，体系形成一个边界清晰、聚集度高的深能谷，说明结合态是优势构象。这类图在论文里常用来佐证结合的稳定性。
结合腔残基的接触频率统计，前十位残基接触频率均达到或接近90%以上。来源：膜蛋白分子动力学（MD）模拟结题报告.docx。
结合界面部分，接触频率统计显示LEU117、GLU388、THR183、PRO181、PHE116、ALA387、PHE82、LEU184、ILE195、MET146这10个残基的接触频率都达到或接近90%以上，构成结合的结构锚定核心。氢键数量在3到7之间波动，多数时间维持在5个。MM/GBSA能量分解里，范德华作用（ΔGVDW = -37.35 kcal/mol）是结合自由能的主要贡献。
报告还给到了二级结构演化（DSSP）、动态互相关矩阵（DCCM）和膜特征分析。DCCM里残基0-70与250-350构成两个相对刚性的独立结构域，两者之间是负相关的铰链式开合运动。膜特征部分量到了POPC与POPE的双峰密度分布、POPS的单峰分布，以及胆固醇在4.9 nm和7.3 nm处的双峰位置。
论文那篇的对应结果是MM/PBSA结合自由能ΔGtotal = -158.715 kcal/mol，关键贡献残基为LEU146、VAL30、ILE77和LEU22。这批计算结论后来有CETSA实验做对照，白桦脂醇处理确实提高了AMPKα2的热稳定性。
四、选MD供应商时核对这些
1. 软件和力场有没有写清版本号。GROMACS 2024.3还是2026.2，Amber99sb-ildn还是CHARMM36，这些是可复现的前提。
2. 建模来源交不交代。AlphaFold3、Chai-1、AutoDockFR用了哪个，对接口袋定在哪里，生成多少个构象。
3. 模拟参数是否具体。时长、步长、温度压力、平衡策略，能不能直接对应到方法学段落。
4. 有没有一份明确的分析指标清单。RMSD、RMSF、回转半径、SASA、DSSP、自由能景观、接触频率、氢键、MM/GBSA、DCCM、膜特征，缺哪项补哪项。
5. 结果能不能落到公开发表的论文里。有已发表的方法学声明可查，比任何案例集都直接。
科晶生物做的是AI辅助互作蛋白筛选加MD模拟，从构象预测到膜体系模拟再到自由能计算，是一整套。选型的时候，先要一份方法学段落草稿和一份指标清单，比先谈价格管用。
归属说明：文中引用的Phytotherapy Research 2026年研究由浙江省立同德医院、浙江省中医药研究院团队完成，合肥科晶生物技术有限公司承担其中的分子动力学模拟（MDS）部分；结题报告数据来自科晶生物自有交付项目。
